概念与架构

QuantumAtlas 是一个"分层"系统。理解三层各自的职责和它们之间的数据流，是把这个项目用对的前提。

这一节讲什么

• 三层架构

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  Raw Sources / Wiki / Graph 各自是什么、谁是 source of truth、谁可以改谁不能改。

• 数据流

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  一篇论文从 arXiv 进来到生成可运行代码的全链路图，以及每一步的工具。

• 鉴权模型

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  PocketBase 用户、session token、PAT 与 scopes 的关系；read 开放 / write 鉴权的边界。

• 存储架构

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  对象存储 (RustFS/S3) + Metadata DB (SQLite) + Graph (Neo4j) 三层切分，以及对象寻址、sha256 dedup、bucket versioning、桶布局与对账等机制。

为什么要分这么多层？

简单回答：分类和关联是两回事。

• Raw Sources 是证据链 —— 论文 PDF、MinerU 解析出的 Markdown、各种 JSON。它们存在的目的是「永远可追溯」，所以追加为主、几乎不删改。
• Wiki 是知识的 source of truth —— 经过人审阅 / LLM 辅助整理后的结构化页面。它面向「人和 LLM 都能稳定消费」。
• Neo4j 是从 Wiki 派生出来的关系索引 —— 回答「这个算法跟哪些原语相关」「哪些论文引用了它」。它不是独立事实来源，而是「Wiki 投影到图模型上的副本」。

这样的边界有两个好处：

1. 让研究笔记可以被人读，也能被工具稳定消费。
2. 让关系查询不污染正文；分类、叙述和图查询各在合适的地方发生。

下面的几节会把每一层讲清楚。